В сказочном подземелье произошла страшная катастрофа - обратная мутация всех обитателей - они превратились в игрушечные персонажи. свой первоначальный облик удалось сохранить только черепашке Рафаэлю. Вместе с детьми он отправится на поиски друзей черепашек. Во время поисков дети перевоплотятся в различных героев с помощью волшебных повязок.
Применив телепатию, учитель Сплинтер поможет ребятам найти 4 оружия - меч, палки, нунчаки и саи для борьбы с каменными людьми, зверолюдьми, "межгалактическим" мозгом и с самим Шредером.